Des milliers d’années après avoir été piégé dans la glace, un virus est revenu à la vie. C’est ce que vient d’annoncer une équipe de chercheurs dans la revue PNAS. La découverte a été réalisée dans le sol gelé de l’extrême nord-est de la Sibérie. C’est à cet endroit dans les années 2000 que des chercheurs russes ont prélevé plusieurs échantillons de glace datant de 30.000 ans.
Il y a deux ans, une équipe française est entrée en contact avec ces chercheurs qui ont accepté de leur confier des échantillons à analyser. Dans leurs laboratoires, les scientifiques ont mis en contact les échantillons avec des organismes unicellulaires appelés amibes dans des boites de Pétri. Puis, ils ont attendu pour voir ce qu’il se passait. Au bout de quelques temps, ils ont constaté que certains des amibes étaient morts. En poussant les recherches, ils ont alors eu la surprise de découvrir que les organismes avaient été infectés par un virus géant.
Comme leur nom l’indique, ces virus sont bien plus grands que les autres, avec un diamètre supérieur à 0,5 millionième de mètre (micromètre), ce qui les rend visibles au microscope optique. D’une origine mystérieuse, ces organismes présentent un très grand génome comparable ou supérieur à celui des bactéries et infectent uniquement les amibes. Ils n’infectent ni l’homme, ni l’animal. Un virus géant différent Jusqu’ici, les chercheurs avaient identifié deux familles de virus géants, les Megaviridae et les Pandoraviridae. Toutefois, quand ils ont observé plus en détail le nouveau virus, ils se sont aperçus qu’il n’appartenait à aucune de ces familles. Malgré une forme similaire aux autres, ce virus (long de 1,5 micron pour 0,5 micron de diamètre) présentait un ADN très différent, poussant les chercheurs à le classer dans une nouvelle famille. Le nouveau virus a ainsi été nommé “Pithovirus sibericum”. “Le génome de Pithovirus, même s’il reste grand pour un virus, contient beaucoup moins de gènes (environ 500) que celui des Pandoravirus (qui peut atteindre 2 500 gènes). Les chercheurs ont également analysé la composition en protéines de la particule de Pithovirus. Ils se sont alors aperçus que sur les centaines de protéines qui la constituent, elle n’en partageait qu’une ou deux avec la particule de Pandoravirus”, explique le communiqué du CNRS.
D’après les chercheurs, le Pithovirus présenterait également un mécanisme d’infection des amibes très différent des autres. “L’analyse approfondie de Pithovirus révèle qu’il n’a quasiment aucun point commun avec les virus géants précédemment caractérisés. Il inaugure donc une nouvelle famille de virus, portant à trois le nombre de familles de virus géants connus à ce jour”, poursuit le communiqué. D’autres pathogènes surgis des glaces ? Si la résurrection de ce virus ne présente pas de danger pour l’homme, celle-ci suscite des questions quant à la possibilité que d’autres organismes ressurgissent des glaces. “La démonstration que des virus enfouis dans le sol il y a plus de 30.000 ans puissent survivre et être encore infectieux suggère que la fonte du permafrost et l’exploitation minière et industrielle des régions arctiques pourraient comporter des risques pour la santé publique”, souligne Jean-Michel Claverie co-auteur de l’étude repris par l’AFP. “Il existe maintenant une probabilité non nulle que des microbes pathogènes qui ont infecté d’anciennes populations humaines puissent revivre, et probablement nous infecter également”, ajoute le scientifique du laboratoire “Information Génomique et Structurale” (CNRS/AMU) dans un courriel adressé à LiveScience. “Ces pathogènes pourraient être des bactéries banales (sensibles aux antibiotiques), des bactéries résistantes ou des virus sournois”. Or, si ces organismes ont disparu durant des millions d’années, notre système immunitaire n’est certainement plus préparé à les combattre efficacement. Dans son communiqué, le CNRS évoque notamment le cas du virus de la variole “dont le processus de réplication est similaire à celui des Pithovirus”. Bien que ce dernier soit aujourd’hui considéré comme éradiqué, sa résurgence “n’est désormais plus du domaine de la science-fiction”. Un risque mineur ? Néanmoins, tous les scientifiques ne sont pas de cet avis. “Nous sommes inondés par des millions de virus au quotidien. Chaque fois que nous nageons, nous avalons des milliards de virus et en inhalons beaucoup d’autres chaque jour”, indique Curtis Suttle, virologue de la University of British Columbia, non impliqué dans l’étude. “Il est vrai que des virus sont conservés dans le permafrost et les glaces”, poursuit-il. “Mais la probabilité que des virus pathogènes pour l’humain soient assez abondants et puissent circuler assez pour affecter la santé humaine, repousse la rationalité scientifique au point de rupture”, estime t-il cité par LiveScience. “Je serais bien plus inquiété par les centaines de millions de personnes qui seront déplacés à cause de la montée des eaux que par le risque d’être exposé à des pathogènes venant du permafrost gelé”, conclut-il. Désormais, l’équipe française travaille à estimer de manière réaliste la probabilité que des organismes pathogènes pour l’humain comme la variole puissent ressurgir. Selon les chercheurs, cette découverte souligne toutefois combien notre connaissance de la biodiversité microscopique reste partielle dès que l’on explore de nouveaux environnements.